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Player FM - Internet Radio Done Right
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Send us a text On this very funny short Bonus Show, standup comic Mack Dryden shares his story about going to the Dentist...you'll never believe what happens...Hilarious! Look for Mack Dryden's "NEW" Dry Bar Comedy Special... Please Listen, Enjoy, and Share where you can...Thanks!! Support the show Standup Comedy Podcast Network.co www.StandupComedyPodcastNetwork.com Free APP on all Apple & Android phones....check it out, podcast, jokes, blogs, and More! For short-form standup comedy sets, listen to: "Comedy Appeteasers" , available on all platforms. New YouTube site: https://www.youtube.com/@standupcomedyyourhostandmc/videos Videos of comics live on stage from back in the day. Please Write a Review: in-depth walk-through for leaving a review. Interested in Standup Comedy? Check out my books on Amazon... "20 Questions Answered about Being a Standup Comic" "Be a Standup Comic...or just look like one"…
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Stan … “Stan is a state-of-the-art platform for statistical modeling and high-performance statistical computation. Thousands of users rely on Stan for statistical modeling, data analysis, and prediction in the social, biological, and physical sciences, engineering, and business.”
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Researchat.meetup vol0の閉会時に収録した音源です。 Shownotes Researchat.meetup vol.0の詳しいまとめは後のエピソードで語ります。 Side by Side Radio のRyota Nishizonoさんとざいこうさんには会場の予約・収録機材で特にお世話になりました。ありがとうございました。会場にお越しくださったみなさま、辿々しい運営だったと思いますが、ありがとうございました。 Editorial Notes 新鮮な体験ができて嬉しかったです!!Researchatを聞いてくださっている方々がいらっしゃることを実感できて感動しました。(coela) Researchat.meetup vol.1を開催できる日が来るのを楽しみにしています。(tadasu)…
ヒトの細胞で人工的なクオラムセンシングの構築を目指した論文を紹介しました。 Shownotes Synthetic mammalian signaling circuits for robust cell population control. Cell 2022 … 今回sohが紹介する論文です The Elowitz Lab at Caltech Quorum sensing (Wikipedia) 80. Guest explains everything (Researchat.fm) … Pomeさんをゲストに迎え、CAR-T治療などについて教えていただいた回 Nishimura et al. Nature Methods 2009 … “An auxin-based degron system for the rapid depletion of proteins in nonplant cells” Blasticidin S DamID Editorial Notes 随分と収録から公開の間が空いてしまいましたが引き続き論文を紹介していきます (soh) Quorum sensingおもしろいなぁ(tadasu)…
春の訪れ、Daylight saving time、ペッパーランチの思い出、マリトッツォって何、磁力を使って生きた細胞の中のクロマチンを動かす論文、種間で寿命のばらつきが非常に大きい(11-200歳)根魚のゲノム解析論文について話しました。 Shownotes Daylight saving time … いわゆるサマータイム ソメイヨシノ … ソメイヨシノ研究といえば遺伝研の竹中要先生。 Daylight saving timeを一年中使うことの議論 ペッパーランチ 超高級食材でペッパーランチ作ったら美味すぎて言葉を失いました… (by ヒカキン) … 飯テロ許すまじ! Pepper Lunch in Vancouver Yoshinoya Yayoi BOSSO … Harvard Buisiness Schoolを卒業した人が始めたラーメン屋さん。唐揚げが一番おいしかった。 mochi doughnuts & Taiyaki … ポンデリング系ドーナッツ(mochi doughnuts)とタイ焼きの口からアイスが突っ込まれているタイ焼きアイスクリームのヒットについてはまた話したい。 Tsurumen davis … Researchat.fm ep5で登場した1000日しか営業しないラーメン屋さん。ついに1000日を迎え、営業を終えた(らしい) マリトッツォ … 名前だけ聞いたことがある伝説上の食べ物 BOOK OFF NY Keizer et al. bioRxiv (2021) … “Live-cell micromanipulation of a genomic locus reveals interphase chromatin mechanics” John Gurdon Egli et al. Nature (2007) … “Developmental reprogramming after chromosome transfer into mitotic mouse zygotes” 体細胞の染色体スワップではなかったです… 光ピンセット(Optical tweezers) 磁気ピンセット(Magnetic tweezers) Atomic Force Microscope (AFM) Tetracycline (Tet) Inducible Expression mCherry Yang and Shah Front. Oncol. (2020) … “Nanobodies: Next Generation of Cancer Diagnostics and Therapeutics” Ferritin パーマロイ … ニッケル鉄の合金 Kolora et al. Science (2021) … “Origins and evolution of extreme life span in Pacific Ocean rockfishes” 根魚 Lu et al., Science (2021) … “Long-lived fish in a big pond” Editorial Notes 今年のカナダは歴史的な降水量で雨ばかりの日々でしたが、先週から1ヶ月遅れでようやく夏が来ました (soh) 時節の話なんかするものだから季節外れの話になってしまいました。タイトルにはTweezersを入れましたが、magnetic tweezersの論文ではないです。Rockfishの寿命論文はオープンアクセスではなかった…すいません。(tadasu)…
F1好きなゲストを迎え、2021年にF1で起きたニュースを取り上げ、F1という競技の面白さや複雑さ、国際情勢とスポーツの関係などについて話しました。 Show notes 研エンの仲 - A podcast on Anchor … “「研エンの仲」は、神経科学の研究者 Ayaka (@kayautoka) とソフトウェアエンジニア Ryohei (@fushimir) の2人によるPodcastです。科学やエンジニアリング、日常の話題についても話しています” 93. Language Is Not Required … Researchat.fmのF1回をsohが一人で話しているエピソード。 128. Let’s start a science podcast … Researchat.fmと研エンとのコラボ回 130. SOMEBODY TO LOVE … Researchat.fmと研エンとのコラボ回 Radio port F … F1のレギュレーションを読むポッドキャスト番組 国際モータースポーツ諸規則 FIA REGULATIONS … ここから100ページ以上に及ぶF1のレギュレーションを読むことができます(英語) 2021 F1 ABU DHABI GRAND PRIX - REPORT TO THE WORLD MOTOR SPORT COUNCIL - 19 MARCH 2022 … アブダビGPの問題について、何が起こり何が問題だったのか、様々な解決策などが記されている。これが2022のシーズンに実装されることになった。 Race Highlights - 2021 Abu Dhabi Grand Prix (YouTube) … アブダビGP2021年のハイライト動画。 Verstappen Wins Title With Final Lap Overtake! - 2021 Abu Dhabi Grand Prix (YouTube) … MaxとLewisのセーフティーカー明けの伝説的なラップ…このような終末になるとは誰も予想できなかった。 Formula 1: Drive to Survive - Netflix Official Site … ネットフリックスによるF1のドキュメンタリーシリーズ Verstappen & Hamilton Clash at Monza - 2021 Italian Grand Prix (YouTube) … モンツァで起きてしまったMaxとLewisのクラッシュ。優勝を争う二人はシーズンを通して激烈なバトルを繰り広げた。 グラウンド・エフェクト・カー (Wikipedia) Haas part ways with Nikita Mazepin ‘with immediate effect’ (formula1.com) F1 announces termination of Russian GP contract ウラルカリ (Wikipedia) … ロシアの肥料メーカーであり、ハースのメインスポンサーでもあり、そして社長の息子のニキーマゼピンはハースのF1ドライバーだった。 Haas Automation Inc Mathematicians Protest Russia Hosting Major Conference (Scientific American) The future of research collaborations involving Russia (CAREER NEWS, Nature) Formula 1 launches #WeRaceAsOne initiative to fight challenges of COVID-19 and global inequality サウジアラビアにおける女性の人権 (Wikipedia) Sebastian Vettel organised women-only kart race in Saudi Arabia The Hamilton Commission into improving representation of Black people in UK motorsport 22 Yuki Tsunoda … アルファタウリで活躍する日本人ドライバー Editorial notes 2022年のシーズンはすでに開幕し、去年とは勢力図も大きく変わり、面白くなってきましたね (soh) 出演できて嬉しいです。このepを機にtamaki さんtadasu さんもF1にハマってくれたりしないかな〜と期待しています。(nami) Instagramではボッタスだけをフォローしています。ほっこりする近況がたくさん流れてきておすすめです (ryohei) 出演させていただきありがとうございました!シーズン開幕戦直前の期待と不安がつまった収録で、現時点までのレースでもすでに語りたいことが多すぎます笑 (ayaka)…
特定のRNAの発現に反応する細胞内センサーについての原著論文を紹介しました。 Show notes A split ribozyme that links detection of a native RNA to orthogonal protein outputs. BioRxiv 2022 … 今回紹介するプレプリントの論文。 57. All papers are created equal - Researchat.fm … “科学論文の探し方、読み方とその楽しみ、そして理想の論文について三人で熱っぽく話しました” Ribozyme (Wikipedia) Tetrahymena Ribozyme … テトラヒメナ由来のリボザイムの反応についての解説。 Thomas Cech (Wikipedia) … “RNAが触媒的機能を持ち細胞内での反応に関与していることを初めて発見し、これをリボザイムと命名し…1989年にノーベル化学賞を受賞した” Cryo-EM structures of full-length Tetrahymena ribozyme at 3.1 A resolution. Nature 2021 … テトラヒメナの立体構造解析を行った論文。 Ribozyme-mediated repair of defective mRNA by targeted trans-splicing. Nature 1994 Raman2RNA: Live-cell label-free prediction of single-cell RNA expression profiles by Raman microscopy. BioRxiv 2021 Editorial notes この分野はおそらくこの先も面白い技術が次々に出てきそうです (soh) まぁええんじゃないですか (tadasu)…
数百種におよぶエンハンサー活性をゲノムにレコーディングし、シーケンシングによって一斉に読み出すテクノロジーについての論文を読みました。 Show notes Multiplex genomic recording of enhancer and signal transduction activity in mammalian cells … 今回紹介する論文(プレプリント) Whole-organism lineage tracing by combinatorial and cumulative genome editing. Science 2016. … Jey Shendureらのチームは世界で初めてCas9ゲノム編集を利用した細胞系譜の一斉追跡技術を開発した。 Jay Shendure (Lab website) Jay Shendure (Wikipedia) … ShendureはGeorge Church labの出身で、Solidシーケンサーの開発などを成功させた一人。 122. Cyalume and Fluorescently Tagged Ruyi Jingu Bang in the Cell … ep122では自己組織化するタンパク質を利用した細胞内情報のレコーディング技術について紹介しました。 31. Editing the unedited … CRISPR-Cas9を用いた全く新しいゲノム編集技術Prime editing (PE)についての原著論文を紹介した回。今回の論文のコア技術となっています。 71. Data Doesn’t Speak for Itself … サイレンサー配列のスクリーニングについての論文を紹介した回。 TATA box (Wikipedia) … 真核生物においてはTATA配列は、プロモーター配列として機能し転写開始点となる。 Editorial notes 収録は年末でした。2022年のresearchat.fmも宜しくお願いします。(soh) レコーディング熱い。(tadasu)…
自己組織化することで伸長する性質を持つタンパク質を応用することで、細胞内で起きた現象を一細胞レベルでレコーディングし、そしてその情報を顕微鏡を用いることで読み出すことができる手法を開発した2本の論文について紹介しました。 Show notes Linghu et al., BioRxiv (2021) … “Recording of cellular physiological histories along optically readable self-assembling protein chains” Lin et al., BioRxiv (2021) … “Time-tagged ticker tapes for intracellular recordings” 02138, 02139, 02115 … アメリカのZip code、すなわち日本の郵便番号。これを知っていると論文と研究の地理感がよりよくわかる。02138はHarvard University、02139はMIT、02115はHarvard Medical School Ed Boyden Karl Deisseroth … Optogeneticsの開発者。Ed BoydenとCRISPRを用いたgenome editingで有名なFeng ZhangはKarlのラボ出身。 optogenetics Fei Chen … Ed BoydenラボでExpasion microscopyを開発。今ゴリゴリの若手。 Expansion microscopy (Science 2015) … Fei ChenとEd BoydenのExpansion microscopy論文 清華大学 … 中国の最強大学の一つ。 Linghu et al., Cell 2020 … “Spatial Multiplexing of Fluorescent Reporters for Imaging Signaling Network Dynamics “: Linghuの一つ前の論文。こちらも自己組織化するタンパク質を用いた細胞内レコーディング、通称signaling reporter islands (SiRIs)の開発論文 Adam Cohen … こーへんじゃなくて普通にかんがえてコーエンですよね… Luke Lavis … 化学のバックグラウンドを生かした、蛍光dyeの開発をもりもり行っている。 David Baker … タンパク質デザインの巨匠 Baskaran et al., Nature Communications (2015) … “An in cellulo-derived structure of PAK4 in complex with its inhibitor Inka1”: iPAK4の元になった論文。オリジナルの論文ではiPAK4という名前は使われていない。すでに如意棒感があるフィギュアがちらほら。 Zamft et al., PloS One (2012) … “Measuring Cation Dependent DNA Polymerase Fidelity Landscapes by Deep Sequencing”: DNA polymeraseの特性を活かした細胞内レコーディングの論文。Ed Boyden + George Church Editorial notes このアイデアの行く末を見守ります。(soh) 面白い発想の論文はいいですね。(tadasu)…
スミソニアン博物館に行って感じたこと、インターネットの父と学ラン、ポッドキャスト音源を流し続ける配信について話しました。 Show notes 実験医学 2021年11月号 Vol.39 No.18 … “はじめよう! 研究者ポッドキャスト―多様な研究者を“聴ける化”する新たなメディア” 研エンの仲 … “「研エンの仲」は、神経科学の研究者Ayakaとソフトウェアエンジニア Ryoheiの2人によるPodcastです。科学やエンジニアリング、カルチャーや日常の話題についても話しています。” NeuroRadio … “神経科学者のとによるポッドキャスト。論文紹介や日々の雑談など、大西洋をまたいで収録しています。” CPT Japan 予選 スミソニアン博物館・美術館のリスト 某先生のスペースデブリとハッブル望遠鏡のツイート … 貫通したとは言っていない National Air and Space Museum Steven F. Udvar-Hazy Center … いわゆる国立航空宇宙博物館 National Museum of Natural History … 国立自然史博物館。みんなが想像している化石の博物館はここ。 レンタル式電動キックボード … bostonにはないので乗ったことがない。乗ってみたい。 絶滅認定されたハシジロキツツキ Natural History … スミソニアンのNatural history本。あたらしい版が英語では出ました。アメリカ版、安過ぎる(小声) 一冊購入しましたが、紙もとてもいいです。 地球博物学大図鑑 …日本語版 カモノハシのクチバシ1 カモノハシのクチバシ2 The British Museum … 大英博物館 水圧によって潰される日清のカップラーメン … なぜ日清なのか、深海には破棄された未開封の日清が集まっているのか。調査隊はその調査をしに深海へ… 鯨骨生物群集 … ロマンしかない。色々実験がされていますよね。鯨骨生物群集(げいこつせいぶつぐんしゅう、(fauna of) whale falls)とは、深海において沈降したクジラの死骸を中心に形成される生物群集のことである。熱水噴出孔と同様、隔離された環境の特殊な生態系として注目されている。” 鯨爆発 … ドッッカアアアアアアアアン!!!!! National Museum of American History … 国立アメリカ歴史博物館 バーチャファイター3がスミソニアンに? 1 … 一体どこにあるのか… バーチャファイター3がスミソニアンに? 2 … ないぞ… “The Virtua Fighter series is recognized for its contributions in the fields of Arts & Entertainment and is the only video game on permanent display in the Smithsonian Institution’s Permanent Research Collection on Information Technology Innovation, at the Smithsonian’s National Museum of American History in Washington D.C.” ウミホタルとresearchat.fm … ep112 Vint Cerf … インターネットの父 Tim Berners-Lee The Webby Award Vint Cerf氏がWebby Awardを受賞した時の写真 … どうみても学ランである。 Vint Cerf氏と学ラン2 … カッコ良過ぎる。このお茶目感最高である。 Vint Cerf氏と学ラン3 … どっからどうみても学ラ(以下略) 慶應義塾大学にやってきたVint Cerf … どっからどうみても学ラ(以下略) インターネット … インターネットとはなんなのか。 DARPA(The Defense Advanced Research Projects Agency: DARPA) … “.mil”ってあるのか…. トンビ服 … 昔の写真でしかみたことがないアレ 村井純 … tadasuは授業を受けていたような気がしなくもない。”「日本のインターネットの父」とされ、「ミスター・インターネット」と呼ばれることもある。英語圏では「インターネット・サムライ」のニックネームを持つ。” サソリ飴 … 次世代の虫食である。 サソリウォッカ … この会社、イカれてるぜ…!!! 竹中直純さん … 第一回ポッドキャストアワードではResearchat.fmに コメント をくださり実は死ぬほどうれしかった。 DX時代に考える シン・インターネット … 村井さんと竹中さんの本 Operation Sound Recovery … 竹中さんのポッドキャスト。まりんさんと、國崎さんと、竹中さんがデジタル時代の音楽についてあれこれ話すポッドキャスト。 Researchat.fm 24/7 streaming station … Researchat.fm 24時間配信。元ネタは ep61 だった気がする。あらB氏の助言により、Raspiで完成。一回配信が止まるとリンクが死ぬのでこのリンクもいつまで維持できるか… コメントしてください〜。実際はニコ動みたいな感じで同じエピソードの同じ場所を聴いている時にコメントをみんなで残すのをやりたいのだけどねぇ… 今ポッドキャストに求められているのはそれじゃないかな?(適当) あらB氏のポッドキャストを24時間、RaspiからYouTubeに配信するための記事 … あらB氏、ほんまありがとう。アイデアのタネはポッドキャストで話しておくべきですね。 あらB.fm … 毎回多種多様なゲストを呼びまくっているあらB氏のポッドキャスト Researchat.fmのYouTube … 登録していただけるととてもうれしいです。 Editorial notes 学ランが似合うイケおじになりたい(無理)(tadasu) 詰襟は見る分には良いんですけど、着るのは嫌です。(coela)…
トリパノソーマのキネトコアについて話しました。 Show notes トリパノソーマ キネトコア(動原体) セントロメア Misleading Chat 7. In the golden age of molecular biology (researchat.fm) … シドニー・ブレナー回 41. Single is not bad (researchat.fm) Akiyoshist … Akiyoshiさんファンの呼称 Akiyoshi Lab Bungo Akiyoshi ハルキスト Akiyoshi and Gull. Cell (2014) … Discovery of unconventional kinetochores in kinetoplastids Tromer et al., Open Biology (2021) … Repurposing of synaptonemal complex proteins for kinetochores in Kinetoplastida 体細胞分裂 (mitosis) 減数分裂 (meiosis) 2倍体 相同組換え 相同染色体 姉妹染色体 … sister chromatids コヒーシン シナプトネマコンプレックス double strand break … DNAの二本鎖が切断されること Spo11 Bloomfield. Annu Rev Microbiol (2018) … Dicty(キイロタマホコリカビ)はspo11がないが、減数分裂時に相同組換えを行う。 Cas9 DNAトポイソメラーゼ キアズマ … chiasma。chiasmaがない減数分裂のことをachiasmaと呼ぶ。 Rasmussen. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. (1977) … “Meiosis in Bombyx mori females”: カイコのメスで見られるachiasmata John et al., Front Cell Dev Biol. (2016) … “Achiasmy: Male Fruit Flies Are Not Ready to Mix”: ハエのオスにおけるachiasmataに関する総説 Xia et al., Genome Biology(2007) … カイコの性細胞におけるspo11発現の論文(Additional Data 5) 48. XXXXXYYYYY (researchat.fm) … 性の多様性について。XYやZW型についても解説しています。 Garg and Martin. Genome Biol. Evol. (2016) … “Mitochondria, the Cell Cycle, and the Origin of Sex via a Syncytial Eukaryote Common Ancestor”: mitosisとmeiosisの進化について 水素仮説 William F Martin Muller’s rachet 水平伝播(horizontal gene transfer) アフリカ睡眠病 ナガナ病 ツェツェバエ キネトプラスト キネトプラスト類(kinetoplastids) Benne et al., Cell (1986) … “ Major transcript of the frameshifted coxII gene from trypanosome mitochondria contains four nucleotides that are not encoded in the DNA”: RNA editing in Trypanosoma Berriman et al., Science (2005) …The genome of the African trypanosome Trypanosoma brucei 中心体 微小管 ホモログ Ogbadoyi et al., Chromosoma (2000) … “Architecture of the Trypanosoma brucei nucleus during interphase and mitosis”: Trypanosomaのキネトコア様構造を電子顕微鏡で観察した論文 Peacock et al., Communications Biology (2021) … “Sequential production of gametes during meiosis in trypanosomes”: trypanosomaのmeiosisについて Weir et al., eLife (2021) … “Population genomics reveals the origin and asexual evolution of human infective trypanosomes”: asexual eukaryoteのTrypanosoma brucei gambienseについて(減数分裂がないというよりはsexがないというべき?) Déjardin and Kingston. Cell (2009) … “Purification of Proteins Associated with Specific Genomic Loci”: PICh法の論文 Thomas Cavalier-Smith LECA … The last eukaryotic common ancestor システム生物学 収斂進化 CENP-A Dinoflagellate … 渦鞭毛藻 Dinokaryon 無脊椎動物の発生 … 団勝磨先生ら著 ヒドロキシルメチルウラシル Talbert et al., The kinetochore (2009) … “Evolution of Centromeres and Kinetochores: A Two-Part Fugue” セントロメアとキネトコアの進化についての論文。Henikoff lab ファインマン デーモンコア プルトニウムは温かい What I cannot create, I do not understand. … 自分で作れないものは、理解していない。 Synthetic biology … 合成生物学 ツイート1 … EMBO, HSFP, Wellcome Trustによるサポート KKT1 uniprot Akiyoshi et al., Genes Dev. (2009) … Quantitative proteomic analysis of purified yeast kinetochores identifies a PP1 regulatory subunit Akiyoshi et al., Nature (2010) … Tension directly stabilizes reconstituted kinetochore-microtubule attachments 精製した動原体を用いた動原体とスピンドル微小管との結合の再構成 … 新着論文レビュー。秋吉さんの博士時代の論文解説 トリパノソーマのもつ型破りな動原体タンパク質の発見 … 新着論文レビュー。トリパノソーマのキネトコア論文の日本語解説 Sue Biggins Sue Biggins先生のインタビュー Sue Biggins先生のiBiology ドブジャンスキー 高井研 44. Tabasheer (researchat.fm) … 伊藤篤太郎、南方熊楠を含む、1800年代後半、Natureに投稿した日本人研究者について話しました。 Editorial notes 次のシリーズにも期待したいです (soh) 話し始めで構想からはずれてしまったため、アワアワしてしまいました。色々とっちらかってすいませんでした。次回チャンスがあればもう少しまとめられるようがんばります。(tadasu) キネトコアって名前かっこいい(coela)…
「遺伝暗号表の構造が環境中のリソースから影響受けており、コドンの使用頻度にも反映されている」という説の論文を読みました。 Show notes Resource conservation manifests in the genetic code. Science 2020 …今回読んだ論文です。 Resource conservation manifests in the genetic code. BioRxiv 2020 …Scienceに出版される前にプレプリントサーバーにも原稿があるので、無料で読めます。出版されたバージョンとは図表・番号などが違うので注意。 コドン (Wikipedia) … 今回の題材である、みんな大好き三文字のあいつ。今回コドンの詳しい説明は ↓ に丸投げしました。 37. Biological Enigma …dessanをゲストに迎え、分子細胞生物学の入門知識について話しました。タンパク質やコドンについて(dessanが)丁寧に話しています。 7. In the golden age of molecular biology … アミノ酸をコードするコドン発見に至る歴史を当時の論文と背景を交えて3人で話しました。 Ep19. Neuron Musk …Elon MuskがオーナーをつとめるNeuralinkがはじめて詳細にその技術を公開した時期に(当時)、bioRxivに投稿された論文と発表イベントの内容、Brain Machine Interfaceを含む脳情報関連技術の動向について話しました。 Ep50. My first journal club presentation …coela(たまき)が始めて紹介した論文。今回は2本目。 ResearchatLT vol.1 (YouTube) …Researchat.fmのリスナーから有志で、ライトニングトーク大会をやりました。その配信アーカイブです。 Researchat.fm Lightning Talk Vol.01 … ResearchatLTの要旨集を含む開催概要。 Last universal common ancestor, LUCA (Wikipedia) 窒素固定 (Wikipedia) Sequence Homology (Wikipedia) … 今回取り上げたOrthologyの意味、混同しやすいParalogy・Ohnology・Xenology・Homoeology・Gametologyの違いについて。 Single-nucleotide polymorphism (Wikipedia) … podcast中でSNP(スニップ)って言っているもの。日本語では 一塩基多型 。 KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGG ORTHOLOGY EggNOG v5.0 … “A database of orthology relationships, functional annotation, and gene evolutionary histories” 同義置換と非同義置換: 計算方法、意味、論文での示し方 … podcast中でなんの説明もなく「dN/dS」と言っていた内容の説明(ごめんなさい)。 正の自然選択圧・負の自然選択圧 … ここらへんは限られた文字数で要約するのが怖いので割愛!! ↑のリンク でも説明があります。 GLMM (Wikipedia) データ解析のための統計モデリング入門――一般化線形モデル・階層ベイズモデル・MCMC … GLMM(論文中ではLMM)の入門におすすめな書籍。 GEO (Gene Expression Omnibus) … “GEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Array- and sequence-based data are accepted.” Microarray (Wikipedia) アミノ酸 生合成経路 細胞の物理生物学 … coelaがはじめて、アミノ酸を合成するのに必要なエネルギー(ATP数)に関する記述をみかけた本。他にも様々な生命現象を取り上げている素晴らしい書籍。鈍器になるレベルで分厚い。 BioNumbers … 直接は関係ないですが、今回議論された内容を調べるとっかかりとして便利とcoelaが思っているデータベース。 Editorial notes Researchat.fmは研究者3人が話すポッドキャストです!!(coela) また一年後にお願いします (soh) う、今回は反省の多い回でした。次回の論文回は最後まで聞いてから質問します(悪い癖が出ちまった…)(tadasu)…
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