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Squid Game: The Official Podcast

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Keys and Knives - S3 Ep 1 26:28

منذ 25 يومًا26:28

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Squid Game is back—and this time, the knives are out. In the thrilling Season 3 premiere, Player 456 is spiraling and a brutal round of hide-and-seek forces players to kill or be killed. Hosts Phil Yu and Kiera Please break down Gi-hun’s descent into vengeance, Guard 011’s daring betrayal of the Game, and the shocking moment players are forced to choose between murdering their friends… or dying. Then, Carlos Juico and Gavin Ruta from the Jumpers Jump podcast join us to unpack their wild theories for the season. Plus, Phil and Kiera face off in a high-stakes round of “Hot Sweet Potato.” SPOILER ALERT! Make sure you watch Squid Game Season 3 Episode 1 before listening on. Play one last time. IG - @SquidGameNetflix X (f.k.a. Twitter) - @SquidGame Check out more from Phil Yu @angryasianman , Kiera Please @kieraplease and the Jumpers Jump podcast Listen to more from Netflix Podcasts . Squid Game: The Official Podcast is produced by Netflix and The Mash-Up Americans.…

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米国シアトル・ボストン在住の神経科学者2人によるポッドキャスト。最新の研究論文紹介や基礎科学・医学研究に関する(あるいは全く関係しない)雑談、留学情報など。感想やコメント、質問などはtwitterハッシュタグ #NeuroRadio あるいはinfoあっとneuroradio.tokyoまで。

92 حلقات

#生物学 #NeuroRadio

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#92 Researchat 2:57:24

منذ 10 أيام2:57:24

2:57:24

Klecknerラボ、この秋からUMass アマーストで独立予定、 Researchat.fm のTadasu Nozaki ( @tadasu443 )さんがゲスト。大学の近況、ジョブハント経験談、独立後の研究の方向性、染色体ペアリング馴れ初め、授業計画、遺伝研での生活について (5/25 収録) Show Notes ( 番組HP ): Researchat.fm Klecknerラボ … Nancy Klecknerは本当に偉大な研究者だと思う。一緒に仕事できてよかった (tds)。博士の時の代表的な仕事 1 2 …前島先生、そしてたくさんの方にお世話になりました(tds) ポスドクの仕事：Rapid homologue juxtaposition tadasuの留学紀五十嵐さん回 1 2 3 4 の就活ノート … 本当にすばらしく参考になりました。ありがとうございました。(tds) 安田さん回 … 背中をおしていただいた回。Ryoheiさんの「アメリカで研究続けるの？」というストレートな問いに、NRの二人がもにょっているのがいい (tds) Jeff Lichtman … 名前ど忘れ&読み方分からなかった... (tds) NeuroRadio聴いたほうが良いっすよ … 本当にNRの人気が高い (tds) ハンナグレイフェローシップ辞めるか否かコロンビアは謝ったけど結局予算止まっている永島さんラボ Stadtman UMass Department of Biology … tadasuの就職先ハエはテストチューブ、山本さん回 1 2 キバハリアリは染色体が１本 … 遺伝研今井先生の研究アリとかハチは半倍数性シダの一種だと1000以上 … Ophioderma pendulum L (n= c. 630) Ninan 1958 Cytologia, 日本メンデル協会のキトロギアから出版されていた。ウチダザリガニ300とか … 2n=376 by Niiyama カモノハシはXY染色体はたくさん … X1,X2,X3,X4,X5, Y1,Y2,Y3,Y4,Y5 ホエザルの性染色体クモの性染色体 Trillium (ブルワリー) エンレイソウ北大の校章相同ペアリング中の染色体の絡まりコムギは85%がリピート染色体のばらつきと適応度 … 折角ふっていただいたのに、適当な議論だったかもしれないと反省。帰国後、やっと読むことができた鶴崎先生のご著書の中で、ザトウムシと染色体のばらつき、適応度、移動性に関する議論がしっかりされていた。もうちょっとよく考えたい。鶴崎先生のザトウムシ本、面白すぎるので皆様にぜひ読んでいただきたい (tds) Hi-C dCasでのラベリング石黒さん CloneSelect 齋藤さんNR出演回 1 2 3 前島ラボ … 前島先生には本当にお世話になりました。世界最高峰のクロマチン・染色体研究ラボの一つだと思いますのでご興味がある方はぜひ訪問してみてください(tds)。 30 nm ファイバーはアーティファクト、 2008年論文、 2012年論文 1、 2012年論文 2 少数性生物学 … あまりにも最高すぎてよかった。未だに少数性について考えている。少数性reunionやってほしい。今ならいろいろ議論できることもありそう。(tds) 永井先生ディクティの面白い生態 … このニュースレターのP.17で堀川先生が議論されている、細胞何個で子実体ができるのか問題。実はディクティは減数分裂に非常に重要なSpo11とRec8というタンパク質のホモログを持っておらず、その実態は謎に包まれている (tds)。 Denoisingの論文平岡先生 Horsetail Movement論文分裂酵母と出芽酵母の減数分裂方法の違い … 分裂酵母は染色体が少なくてみやすい。が、真核生物で広くみられるsynaptonemal complexがない（似たような構造はある)。そして、crossover interferenceも分裂酵母にはない。出芽酵母にはsynaptonemal complexとcrossover interferenceの両方がある。組換えの分子メカニズムは良く保存されている。岡田先生野地先生少数性生物学トレーニングコース … 最高だった(tds) Woods Hole MBLのトレーニングコース AlphaFold3のコード公開に関するゴタゴタ DDBJ アメリカの気象情報が無くなる？ Cas9と配列は似てないが構造が似ているもののスクリーニング … LLMで生成してAlphafoldで予測、その中から良さげなものを人力でチェック！といいつつこれも一年前の論文なのでその後の動向をチェックする必要がある。50%ではなかったかも... Foldseek Jerry Chenの論文について扱ったNR回浜ホトのORCA-Quest (最新型の2) ORCA-Fusion BT AndorのiXon EMCCD ORCA-Flash (最新型の4 v3) W-View Gemini 木下Jr: 安田さんの大学院時代の指導教官、故・木下一彦氏 Gemini を使った仕事(再掲) ScanImage 8個同時パッチ in vitro のコンフィグレーション酵母のTetrad dissection GitHubをラボノートにするリサーチャット蛇口回 Towards an understanding of the mechanism of heredity by Whitehouse … 読み比べた中では、メンデルからChromosome theory, crossover, linkage, mutation, geneまでの導出がすばらしい。クセが強すぎるのは間違いないが、遺伝学は実験に裏打ちされた論理的推論の学問であることを感じさせられる。論理的推論による遺伝学の研究系譜をちゃんとまとめたい (tds)。 A history of genetics by Sturtevant Pierce か Griffiths の教科書が、一般的なものの中では良さそう (tds)。物語遺伝学の歴史 … 宮脇書店をぶらぶらしていたら見つけた平野先生の本。本当に内容がすばらしい。参考になるとおもったら上記のSturteavantの本を一部参考にしているとのことでした。入門として、そして研究者にも知識の整理としておすすめの本です。京都大学吉川秀夫先生の解説もとても参考になった(tds)。遺伝 … 1947年刊行。遺伝学普及会が作成している(隔？)月刊誌。某大学でバックナンバーを読んでいる。あまりにもおもしろすぎてまだ遺伝研が設立(1949)する年まで到達していない。遺伝学者がこれだけ自由闊達に議論している長期雑誌は世界にも類を見ないのではないだろうか。日本帰国時にちまちま読んだとして、最新号に到達するまで何年かかるのやら...1948年のどこかに書かれていた東北のあっぴ様（方言であひるらしい）という短脚の家系に関する調査はあまりにもおもしろくて圧巻だった。ルイセンコ騒動下の議論も生々しい。いつかセレクション集をつくりたい (tds)。菅野さんNR回小さいオンラインセミナーMAYosis 2023 … 小さいといっても参加者は数百人(?)ぐらい。このセミナーで私の研究の話を初めて聞いたという人も多く感謝している。運営の方々に感謝です (tds) COSYNE 遺伝研総研大 Vanderhaeghen lab 岩田さん鐘巻ラボ西村さん渡瀨成治さん…

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#91 Neuroscience needs behavior: towards pluralistic neuroscience 2:57:00

منذ 17 يومًا2:57:00

2:57:00

NYU Long/Buzsakiラボの、藤島悠貴さん( @yfujishima_ ) さんがゲスト。近況アップデート、最近出た唄うマウスの行動解析論文、Krakauerのオピニオン論文を元にした議論、など (6/15 収録) Show Notes ( 番組HP ): Michael Long Gyuri Buzsáki Paul Glimcher Dmitriy AronoがHHMIとった Attila Losonczy Alex Williums Flatiron Institute Eero Simoncelli ダグラス・ウェバーのコーヒーミル Simonsさん亡くなった Simonsのブリッジグラントが再編成されて Fellow-to-Faculty (FtF) に Time warpingのメソッド International Brain Laboratory (IBL) Caleb Kemere 唄うマウスの行動解析論文: Fujishima and Long, 2025 （補足）サーマルカメラを直接SLEAPに突っ込む: 16bitで保存された生データに対し、背景除去などいくつかのヒューリスティックな前処理を行った上で、8bit動画に変換し、SLEAPに流しています。詳細はメソッド欄をご参照ください。（藤島）コスタリカでのフィールドリサーチティンバーゲンは、species-specific behaviorを、その種に特有の本能的な行動と定義しており、学習を必要とせず、生得的に備わっている（ただし、学習によって全く変化しないという意味ではない）定型化された行動パターン（action patterns）を指している。一連のパターン化された動きは、特定の外界刺激（releasing stimuli）によって“解放”（release）されることで引き起こされるとされている。また、これらの行動は外的刺激だけでなく、ホルモン状態などの内的要因にも影響を受ける。1951年に刊行された『 The Study of Instinct 』において、ティンバーゲンは自身の代表的なイトヨの研究をはじめとした具体例を通じて、これらの現象について詳述しており、この本は、1940〜50年代の英語圏において主流であった実験心理学、特にパブロフらの影響を受けた行動主義（内的状態に依拠せず、観察可能な行動のみを実験室で科学的に扱う立場）に対して、一種のアンチテーゼを提示するものとなった（らしい）。(藤島) 歌い返すのにneocortex (orofacial motor cortex)が必要ということを示した論文 Arkarup Banerjee lab 2wkだまるのcitation 歌う姿勢（YouTubeビデオ) David Schneider のポスドク時代のcollorary dischargeに関する論文 Neuroscience needs behavior : correcting a reductionist bias John Krakauer Marrの3つのレベル — computation, algorithm, implementation Hubel and Wiesel 68年〜などと言ってますが、正確には方位検出の初出が 1959論文、 algorithm (+implementation予測)の提示が 1962論文 (Fig19)。 (補足)computationが線を検出すること、algorithmがいくつかの丸型の受容野を持った細胞が一つの細胞に入力することで線に対応する受容野を作りうるという模式図、そしてimplementationが丸型需要野を持つLGNの細胞がV1L4にconvergeすること。(萩) ImplementationのH&W予測が凡そ正しいことを示せた2018年のScanziani論文 Degeneracy: この文脈では同じcomputationを成り立たせるalgorithmが複数ありうること、もしくは同じalgorithmを成り立たせるimplementationが複数あること。Eve Marderはよく、あるneuronのoutputのパターンが同じでもそのneuronにinputする細胞群のパターンが異なりうる、という文脈でよくcircuit degeneracyと書いている。 Neuroscience needs evolution Neuroscience needs behaviorのオマージュ: evolution(先述)、 psychology , Network science 全然違うNeuroscience needs behavior Cris Niell 哺乳類とは全く独立して進化したタコの目の仕組み Eve Marderが”toleranceと”mechanism”の粒度について語るポッドキャスト回 (Night Science) Johnson-Lindenstrauss Lemma : 高次元のデータを低次元に写しても、データポイント間のpair-wise distanceはほぼ保たれるという定理。( Chen and Pesaran, 2021 に軽くmentionあり) Krakauer兄弟同時出演ポッドキャスト回 (Brain Inspored) Current Biology: John and David Krakauer Schultz, Dayan, Montague - ドーパミン界の金字塔(ほぼreview)論文の裏話 ( JNSのシュルツの自伝、pdf直リンク ) Hodgikin-Huxley model論文結果としてNaとKチャネルのサブユニット数や機能を予測していた Yael Niv氏の似た趣旨の論文 Nathaniel Daw NIHの論文をオープンにしないといけないという新しいポリシー Allen Instituteのbehavior & ephysオープンデータセット Ken Harris 日本がメリケン脱出組に700M HHMI Hannah Gray Fellowshipやめた Ang Leeさん（映画監督）ハルクに変身した主人公が怒りに任せて研究所を破壊するシーン DeepMindのLLMが医者AIがリアルな医者の診断能力を超えたという論文 : text chatという点は留意海馬の表彰は goal directedなaction planであることを示した論文 Tank研の論文 Dick Tsien ディスカッションとても楽しかったです。物事を理解するとはどういうことなのか、それこそジョンがどこかで「科学者は哲学し続けなければならない」と言っていたのを思い出しました。またオフラインでも議論できることを楽しみにしてます。 (藤島) などといっていたら中東+メリケン戦争みたいになってしまい大変残念。Weizmannではミサイルでラボが7-8個(物理的に)消し飛んだとのこと。やれやれ。壁か卵のどちらかでいうと常に卵の側でいたい、という気持ちはあるのだが、100%の壁も、100%の卵も、そんな完璧な物はどこにも存在しないのだろう。ピース。(萩) グラントの評価ではHypothesis drivenな研究が好まれるらしいのでNatural behaviorの研究を書くのはより挑戦的な印象。でも探索的な研究はもっと増えてほしいですね(脇)…

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#90 Discourse on the method of rightly conducting intelligence research — Part2 1:35:53

منذ 24 يومًا1:35:53

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Allen Institute, D3の伊藤慎也 ( @shixnya )さんゲスト回、後編。釣り生活、SC (superior colliculus)での音表象の仕事、Allenに移ってからの仕事、LLMの発展による日々の仕事への影響、など (6/20 収録) Show Notes( 番組HP ): Walmart なんでも売ってる全国チェーンのスーパー。銃も売ってる。 Rockfish メバル(?) SCの音のspatial map論文 (Ito et al., 2020) 頭部輸送(伝達)関数、Head-Related Transfer Function, HRTF 音のタイミングの差で音源定位、トリは脳幹のディレイラインでやっているが、マウスはどうやら違う、というコメンタリ論文。解説:バットなどの小さな哺乳類でInteraural Tining Difference (ITD)が定位に機能しないのはわかっていて、その外挿としてマウスもITDを使用しないだろうということは言われていました。2020の論文はITDがSCの Spatial RF および空間マップに寄与しないことを言っていて、behaviorの実験はしていないので、他の脳部位の活動にITDが寄与する可能性は排除しません。SCのマップに関してはマウスでの最初の論文になるのでそれに対してどの要素(ILD, ITD, Spectral)が影響しているかについても最初の報告となります。(伊藤) Tucker-Davis Technologies (TDT) マルチセンサリー論文 SCのvision mapを崩すEph genetic manipulationモデルとその応用 Camplanola, Seeman et al. 2022 大規模にマルチパッチしてconnectivityを調べたAIBSのin vitro electrophysiology部隊のflagship論文去年出た伊藤さんのvisual-behaviorのcell-typeモデル解析論文 Change detection task Marinaのplatform paper 、VIPのsurprise表象が主なfinding (気づけば最初のプレプリントから既に2年経っている) Stabilized supralinear network by Ken Miller Alexの同データセットをHMM-GLMで解析した論文 MarinaのeLife (Visual Behavior部隊の1st Gen Flagship論文) Shohei Furutachiの論文、上記のplatform paperとコンセプトがやや被った Simuationでマルチパッチと対をなす元データの一つ:EMでconnectivityを大規模に調べた仕事 ( MICrONS) Billeh et al., 2020 元になったAntonのグループの大規模シュミレーション仕事の前作 Scanziani-Lienモデル : Lien&Scanziani 2013 , 2018 Mrsic-Flogelのlike-to-like connectivityを実験的に示した一連の仕事 1 , 2 , 3 Wolfgang MaassのTensorflowトレーニング論文 NVIDIA A100 ADAMオプティマイザ Exponentiated ADAM Exponentialと言い間違えていましたが、正しくはExponentiatedですね(伊藤) Transformerの初出は2017年 Matthew Botvinick 気づいたらなぜかYaleのLaw Schoolにいる Antonは小説家A. Brain Age of Cindy ユヴァル・ノア・ハラリ 21 Lessons for the 21st Century Nexus: A Brief History of Information Networks from the Stone Age to AI サピエンス全史銃・病原菌・(鉄) ジャレド・ダイアモンド伊藤さんの新潟での登壇予定: Advances in Brain Modeling and AI applications (7/25に本学会) Connecting Digital Brains Across the World (7/23のサテライト) Editorial Notes: 収録した話を聞いてるとこの人NeuroscienceそのものよりNeuroscience周辺の技術の方が好きなんじゃないの、と思いました。Neuromorphic chipに触ってみたいです。(伊藤) スマブラ強化学習とNVIDIAの株価の話をするのをすっかり忘れてました。あと”北大卒で音源定位”というとどうやってもマークKonishiなわけですが、その話をするのも忘れました。また次回のお楽しみということで (萩) Blue Brain Projectみたいなのを想像していましたが、それとは違ってプロジェクト毎に目的が設定されていく感じが新鮮でした。シンポジウム楽しそう (脇)…

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#89 Discourse on the method of rightly conducting intelligence research — Part1 2:07:48

منذ 24 يومًا2:07:48

2:07:48

Allen Institute, D3の伊藤慎也 ( @shixnya) さんゲスト回、前編。Allenの理論・計算部隊の実態、札幌での高校〜大学学部時代、インディアナ〜サンタクルズでの理論素粒子物理から実験神経科学への転身、科学哲学、など(6/20 収録) Show Notes( 番組HP ): SfN@SanDiegoは2013年でした MindScope Christoph Koch Camplanola, Seeman et al. 2022 大規模にマルチパッチしてconnectivityを調べたAIBSのin vitro electrophysiology部隊のflagship論文 D3: Center for D ata- D riven D iscovery D3のDirector公募中 Uygar Sümbül (はD3ではなくてAIBSであることに初めて気がついた) Stefan Mihalas Michael Buice Anton Arkhipov Learning mFISH Marina Garrett Peter Groblewski 札幌南高校響け！ユーフォニアムソクラテスの弁明ソフィーの世界能をつかんとする人 from 徒然草(吉田兼好) 英語は絶対勉強するな！ Peter Higgs ユーイング装置によるヤング率測定 John Beggs Alan Litke Sotris Masmanidis UCLA Silicon probe 萩原が昔使っていたのは128”D”Nでした。 Nano-Z Intan David Feldheim Niel and Stryker 2008 Jianhua Cang Marcus Meister Fu/StrykerのVIPの論文(2014) Michael Styrker Kilosort: spikesortingのアルゴリズム+softwareパッケージ最新版の4の論文 Neuropixels1.0の最初の論文(2017) 伊藤さんのUCSC時代の最初の論文(2017) Editorial Notes: 人生を大きく左右したキーワードの一覧を見ると、なんとなく心をつっつかれるような気持になります。他の人には何でもないものなのかもしれませんが。(伊藤) 東京支部・海外支部があるぐらい高校のOBOG会(六華同窓会)が強力なのですが、卒業後に登録等一切してないので行方不明者扱いだと思います。大学の同窓会もそうですが。(萩) ローテーションで別分野の研究や様々なラボの文化を体験する、というのはやってみかったことの一つ。やる側は大変だとは思いますが。(脇)…

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#88 Absolutely not absolute 2:14:40

منذ 14 weeks2:14:40

2:14:40

予算カット、２年ルールWaiver、資産運用への影響、メールでのコミュニケーションなど。論文紹介は、実装が簡単な高速FLIMと、Sequeincing by expansion (4/9収録) Show Notes ( 番組HP ): 渦中のハーバード(pdf) コロンビアのNIHグラント停止 Hiring Freeze Announcement デモに参加したらビザ停止 Stand Up For Science Twitterで告知 2年ルールのWaiver 濱崎さん回 401(k) iDeCo Reddit: Fire Flow Chart Version 4.3 Reddit: 401(k) max vs mortgage payment 三権分立の憲法への反映はアメリカが先五十嵐さん回 1 2 3 4 NSFはFellowshipを出す数が半分に Redditに降臨２ちゃんに柳沢先生ご本人登場マウスも毛むくじゃらにのプレプリント狼復活論文紹介論文１： Absolute measurement of fast and slow neuronal signals with fluorescence lifetime photometry at high temporal resolution Sabatini (弟) ラボ安田さん回 Jablonski図 Time DomainでのFLIM計測のわかりやすい図 (pdf, これの7ページ目) Frequency Domainとの比較に使った図 (pdf) 注:PMTからのシグナルも位相をズラすと返答してしまっていますが間違いです。(萩) Fiber Photometry を流行らせたのはDラボロックインアンプ FLIM用のcAMPセンサー Wash UのYao Chen CholinergicセンサーFLIM転用 Becker & HicklのFLIM Instant FLIM 前にSabatiniラボのプレプリントを読んだ回 David AndersonのState論文、たとえば 1 2 3 脳の温度は結構変わる pHも睡眠とかで変わる未来予想回齋藤さん回 1 2 3 論文２： Sequencing by Expansion (SBX) – a novel, high-throughput single-molecule sequencing technology ナノポアレビュー Dpo4 CMOSによる並列化の例 ONTのNanopore ONTを使ったリード精度benchmark研究階段状の建物元根さん Protein Sequencing 日本語解説本社のプレスリリース動画 Editorial Notes: The Apprentice の参加者になった気分です (脇) 大学の自治を守るのは大変重要ですが、ファカルティは大学側の政府への抗議をどう受け取ってるんでしょう。しかし、9 billionだったり2.2 billionだったり、桁が大き過ぎてもうよくわからなくなってきました(萩)…

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#87 Pushing the limits of Drosophila – Part 2 1:20:47

منذ 15 weeks1:20:47

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Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。後編。ハエの疾患モデルとしての限界、凍結保存ができない問題とそれが育んだコラボレーション文化、留学を選択肢と考えるための本の執筆、PhDを取った機関でポスドクを飛ばしてPIになることについて (3/28収録) Show Notes ( 番組HP ): 山本さんNR回前編非哺乳類モデル動物の臨床応用ハエの疾患モデル一覧パーキンソン病モデルハエの例(α-Synuclein) ハエの脳にはドーパミン作動性ニューロンが数百個しかない (Table 1にHemisphereあたり~282個と書いてあるので成虫の脳で550個くらいみたいです。by山) アルツハイマー病モデルハエの例(Aβ42) 自閉症モデルハエに関するReview 1 2 3 ハエの求愛行動ハエの攻撃行動ハエのパーソナルスペースハエのグルーミング Julie Simpson ハエの嗅覚と痛覚を介した記憶のT-mazeアッセイハエで精神疾患モデルは作れるか？ 1 2 ハエのがんモデルでcachexiaが起こるハエのBMP(Bone Morphogenetic Protein)シグナリングハエのノルアドレナリン受容体はタイラミンやオクトパミンに反応する手間がかかるので誰もやってないハエの凍結保存プロトコル 1 2 3 ハエ系統の自由なやりとりの伝統と現状 Indiana大学のBloomington Drosophila Stock Center 京都工繊大のストックセンター遺伝研のストックセンターウィーンのストックセンター Drosophila Information Service FlyBase JaneliaのSplit GAL4リソースデータベースハエゲノムプロジェクト (2000年にドラフトが完成、線虫は 1998年でした。by 山) 羊土社から出した『研究留学実践ガイド』連載、研究留学の技法２０２３実験医学：羊土社から刊行されている雑誌。現行。細胞工学 : 学研メディカルから刊行されていた雑誌。廃刊。蛋白質・核酸・酵素 : 共立出版から刊行されていた雑誌。廃刊。たまたま取れた Notch の特殊なmutationに着目した Science 論文日本語での要約 NotchはDeltaとJagged(ハエではSerrate)というリガンドを見分けている (訂正：FringeはNotchのDeltaとの結合を強め、Jagged/Serrateとの結合を弱めます。by山) News & Hot Paper Digestではなく、カレント・トピックスでした(by 山) The Notch Meeting Gordon Research Conference(GRC)とGordon Research Seminar(GRS) NotchのGRS GRSの座長をした際の体験談(Campus & Conference探訪記) 実験医学のNotchシグナル特集どうする？コロナ禍での海外研究留学 1 2 3 4 5 日本における雇い止め問題に関する Nature と Science の記事ベイラー医科大学って知っていますか？ヒューストンのNASAはロケットを打ち上げてない『研究留学実践ガイド』のテーマ：はじめに(pdf) 留学特集の座談会記事 1 2 中田大介先生安田先生NR回五十嵐先生NR回 1 2 3 4 留学前後・ラボでの立ち居振る舞い：立ち読みサンプル 1 2 失敗したけど、こうして切り抜けましたエピソード：特にコラム4-5から4-8 ラボレポート、留学編・独立編留学をしないという「選択肢」：コラム4-10 藤島さんNR回コラム3-3( 立ち読みサンプル ) DEI政策の激変テキサスはDEI停止を先取りハーバードにおけるAffirmative Action訴訟 Texas Children’s Hospital Duncan NRI(faculty list) Huda Zoghbi(HHMI) Rett Syndrome SCA1(Ataxin) Atoh1 ( Math1 ) DP5(Early Independence Award) 独立して最初のR01が取れたPIの平均年齢は43歳(2010年 NIH調べ) Hugo Bellen(元HHMI) 博士の時にやったスクリーニングからプロジェクトがたくさん生まれた 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 etc ハーバード、 UCSF 、 Janelia のフェロー制度ドーパミンの産生・放出・代謝…

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#86 Pushing the limits of Drosophila – Part 1 2:26:36

منذ 16 weeks2:26:36

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Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。前編。ツールとしてハエを使うNeuroscientistと脳を見ているハエGeneticistの違い、ハエForward geneticsからヒト希少疾患研究に繋がった経緯、Living test tubeとしてのハエの魅力、Reverse geneticsによるヒト化ハエのRare disease・Common disease・感染症研究への応用について (3/28収録) Show Notes ( 番組HP ): 山本さんラボHP (更新が滞りがち) LinkedIn ベイラー医科大学動物育種繁殖学教室今川和彦先生着床現象は種特異的臍帯形成などに異常がある Vps26a ( Hβ58 )の変異マウス 1 2 Hugo Bellen Jan and Dan Duncan Neurological Research Institute Hugoによるレビュー Scott Emr 武田洋幸先生多羽田哲也先生後藤聡先生 Retromer ComplexとWnt signalingに関する論文(４本じゃなくて５本でした：Dev Cell x3 + NCB x2) 1 2 3 4 5 Gerry Rubin Allan Spradling Thomas Cech Seymour Benzer追悼記事 1 2 Thomas Hunt Morgan ハエ研究の黎明期メンデルによる遺伝子の提唱と再発見津田梅子先生がMorganのところでやった仕事メンデルの法則 Hermann Muller 放射線による遺伝子の破壊・改変を発見 Marie Curie の死因発生生物学者と遺伝学者は仲が悪かった最初の Notch ミュータントの欠けている翅 HomozygousだとNeurogenic phenotype AntennapediaとUltrabithorax ハエの記憶に関する最初の報告この系をつかった最初のL&Mの変異体、 dunce の論文(cAMPの分解酵素) サーカディアンリズムの period 変異体の論文 Shibire はDynaminに関する変異体 Kir2.1 NaChBac 遺伝学的手法を用いてハエの神経活動を操作する(リンク先Table2) GSAによるショウジョウバエの学会 CSHLのNeurobiology of Drosophila Janeliaのconference NRでショウジョウバエを扱った回 Forward genetics(順遺伝学)とReverse genetics(逆遺伝学) C hemical mutagenesisではEMSやENUがよく用いられる armadillo ( arm )＝ハエのβ-Catenin Christiane Nüsslein-Volhard Eric Wieschaus The Heidelberg screen回顧録 MARCM 利根川先生の CaMKII-Cre を用いたconditional KO (訂正： CaMKII をcKOしたんじゃなくて、 CaMKII-Cre を用いて別の遺伝子をcKOしてましたね。 by 山) Flp/FRTとEMSを組み合わせることによるモザイク・スクリーニングの初出論文レビューハエのElectroretinogram(ERG) 1 2 ｍ usashi とハエの感覚毛の４細胞感覚ユニット岡野先生らによる m usashi 発見博士の時にやったスクリーニング結果をヒト希少疾患と結びつけたCell論文 ApoE2 と E4 : 逆でした (by 山) ヒトゲノム計画におけるBaylorの貢献 HapMap project 1000 Genomes project Center for Mendelian Genomics Richard Gibbs James Lupski Synteny(シンテニー) Complementation test(相補性検定) LiqinのMARCM EMS Screenの例 Hippo signaling pathway レビューこのPathwayのコアのhippoという遺伝子は４つのラボで同時期にFLP/FRTスクリーニングなどを通じてみつかりました（Cell２本、NCB２本） 1 2 3 4 ハエの in vivo RNAiのライブラリ 1 2 3 RNAiとEMSで見えてくる遺伝子が違う： Cell論文のFig. 2 CRISPRも含めて、Mammalの例 1 2 Rett Syndromeの原因遺伝子は MECP2 Huda Zoghbi ハエ遺伝子のヒト化 T2A-GAL4 Kozak-GAL4 Mutationの機能的分類(Muller's morphs) Undiagnosed Diseases Network(UDN) NIH Commonfund BRAIN initiative UDN Model Organisms Screening Center…

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#85 Prediction models 1:37:44

منذ 27 weeks1:37:44

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新年の抱負、第二回おたよりコーナー、2025年に起こる神経科学まわりの出来事予測 Top 5 (1/5収録) Show Notes ( 番組HP ): 抱負イーロン・マスクはH-1Bに賛成米国PhD持ちにはGC? バイデンがやってること J1 の2 years rule waiver おたよりおたよりフォーム前回のおたより回佐野さんの回小川誠二先生ベル研究所あの論文 1 2 松井さん柳下さん Neuroでの北沢萩原シンポジウム吉良さん Huberman Lab Podcast Night Science Podcast George回 Yanai アメリカでラボを持つことになったYukiさん千歳さん回 Addgene Penn vector core の transfer UNCのvector core Kimberly Ritola Adam Hantman MouseLight Jayaram Chandrashekar Armamentarium Iodixanolだと空ベクターが多くセシウム遠心だと少ない Rafael Yuste Sydney Brenner の有名な言葉: "Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order" の出典に関するシドニーブレナーのぼやき齋藤さん回 1 2 3 齋藤さんラボHP 2025年に起こる神経科学周りの出来事予測 5選えめさん回 Three photon imaging ventralでもなかった In vivo透明化パプリカパウダーボイデンラボから今井ラボから根本ラボから JaneliaでCultureをやっているAbraham Beyene mStayGold 1 2 3 Comparison StayGoldは照射方式によってパフォーマンスが落ちることがある場所細胞のhyperbolic geometry Torus論文まささん microRNAのTarget Sequence Allenとかで顕著なenhancer AAV CellReadr , RADAR , RADARS ITRのプロモーター活性ミニマルプロモーターの話をした回 CRACM 千歳さんの新しい現象キャラクタライズ 1 2 3 4 バインダー設計、例えば 1 2 3 4 AI Scientist Waymo Craniotomy robot 牧野さん回ポッドキャストも置き換えられるかもみなさんの予測のおたよりをお待ちしております (脇) アグる(aggregateする)は使うけどバリコる(varicosityつくる?)は初めて聞いた(萩)…

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#84 Synthetic developmental biology 3:29:09

منذ 28 weeks3:29:09

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University of Washington の浜崎伸彦さん( @Nobu_Hamazaki )がゲスト。Human RA-Gastruloid論文、条件探索のコツ、ステージング問題、卵子形成論文、PI生活、今後目指す合成的発生生物学の方向性など (12/12収録) Show Notes ( 番組HP ): 浜崎ラボHP 博士課程(の後半)での所属ラボ：中島欽一ラボ日本での所属ラボ：林克彦ラボ (現在は阪大) 日本にいたときの卵子形成転写因子論文かぐや論文 Parthenogenesisのレビュー留学先の所属ラボ： Jay Shendureラボ留学先でのHuman RA-Gastruloid論文最初にあったマウスGastruloid論文 Matrigel おすすめの発生生物学の教科書ギルバート発生生物学、ウォルパート発生生物学とラングマン人体発生学とそのムービー JayのGestalt イベントのレコーディングシュペーマンのオーガナイザー (pdf) Turner Syndrome Wntアゴニストのカイロン下流のBrachyury (T)という転写因子最近出ていた脊索が現れる3D trunk organoid論文 bioRxivに最初に出た論文とその数日後にアップロードされた競合論文その１２３４の出版論文としての結果 1 2 3 4 最近溜まっているEmbryonic single cell data 1 2 3 4 5 6 7 10x sci-RNA-seq3 Smart-seq3 Wei Yangさん（Jayラボメンバーページ）マーカージーンをGPTに入れると予測してくる Mappingする方法 UMAPのco-embedding Foundation modelを作っていく例今村さんとやっていたgene regulation Zygotic genome activation 精子のヒストンがプロタミンに置き換わる機構残ったヒストンがinter-generationalなepigenetic memoryに関与する？（pdf）父が肥満だと子が肥満になりやすい、母だとそうでもないダーウィン vs ルイセンコ iPSで精子作成している例減数分裂？に関するプレプリントパキテンで止まっている山中論文は24から4へ卵子が大きくなるためにはアクアポリンが必要。<- Glycineチャネルを介した浸透圧による水分流入のことでした。卵子形成に伴ってゲノムが徐々に無秩序にする 1 2 卵子のヒストンはモノユビキチン化が盛ん 1 2 不妊治療でホルモン注射や針を刺す場合 Polony Sequencing 最近宇宙とか言ってる I-5: 東海岸を縦に貫く道路 At the Helm: Leading Your Laboratory Westlake University 前回の政権でのES細胞についてのポリシー：新しい株は作れないブッシュ政権の時はES細胞研究はほぼできなかった培養ニューロンにゲームさせてる論文 Retinaからのprojectionを再現ヒントンらによるBackpropagationと脳に関するレビュー Backpropagationが実装されていうるかも、という最近の論文海馬とTransformerの関連を議論した論文目の実装、イカとの違い流行ウイルス予測の研究エクトダーム単体でほっとくと神経になる 1 2 臨界期窓リオープン抗生物質ではなくてバルプロ酸でした。(抗てんかん薬) Anhedoniaの論文加齢と記憶力、最近出た Bipolarのモデルマウスを作るような研究小頭症オルガノイド Direct reprogrammingによって作成したらAgeは残ったまま 4因子発現による若返りベンチャー 1 2 Seattle Hub for Synthetic Biology Cole Trapnell lab 冬眠するげっ歯類から作ったiPS細胞からケミカル同定の論文発生生物学から学び、発生生物学のその先に進む研究に興味がある人はいつでもご連絡ください。面白いサイエンスができると思います。(浜崎) “早く留学した方がいい”という意見を頻繁に耳にしますが、留学するorしないではなく、いいラボでポスドク時代のトレーニングをできるかどうかが重要というのを体現されていると思います。(萩) ラボメンがHamazaki et al.とよく言っているのですが、まさかご本人様にこの番組でインタビューできるとは思ってませんでした。 (脇)…

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#83 Emo 2:38:50

منذ 30 weeks2:38:50

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ハーフマラソン参加を通じたコンディショニングの変化、Bluesky移行など。論文紹介は、valenceに応じた伝達物質放出の変化、生きた細胞からのトランスクリプトミクス、空腹による恐怖表象の変化 (12/15収録) Show Notes ( 番組HP ): UW medのハーフマラソン村上春樹のエッセイ腸脛靭帯炎ボストンマラソンのエントリー基準 Garminのスマートウォッチたち (割と山に特化したfenix 7を使ってます萩) 萩原(暫定) おすすめデカフ1: Sightglass Coffee 萩原(暫定) おすすめデカフ2:Linea Coffee 宮脇おすすめKarma Coffee V60 手で押すタイプのエスプレッソマシンアーロンチェア Sayl Logitechの575 Mx Ergo S Logitech Lift エレコムのベアリングトラックボールマウス日本では謎に高い NIH Armamentarium NatureでもBluesky移行の記事が出ていた Nikolas Karalisによる Bluesky移行ガイド NeuroRadioのBlueskyアカウント American Football Cap'n Jazz このへんのバンドはより正確には”midwest emo”らしいです Hiatus Kaiyote - Red Room Robert Glasperの生歌が下手すぎるRed Room Robert Glasper Experiment の Smells Like Teen Spirit Robert Glasper Trio - LIVE at The Village Vanguard Darkside Tyler, the Creator Kendrick LamarとSZA トム・ヨークのツアー観光客に成り下がっている写真 The Smile 論文紹介パート論文１： Encoding opposing valences through frequency-dependent transmitter switching in single peptidergic neurons Sung Han (気づいたらAssociate Profになってました) Richard Palmiter ポスドクにおける仕事先に出たリソース論文の仕事五十嵐さんが最初に出たとき Synapto pHluorine GabaとDopamineが一緒に放出されるケース Central Amygdalaはめちゃくちゃヘテロ Plateau Potential NNに出てた呼吸の論文論文２： Live-cell transcriptomics with engineered virus-like particles Paul Blainey ピペットでちょっと吸うタイプのlive cell transcriptomics Exosomeを使ったケースについてのレビュー Gil Westmeyer ラボから同じ時期に出た類似プレプリント CellNet CROP-seq Evan Macosko Synapse-seq Synaptosomeを分けてシーケンスするのではなくBarseqみたいな感じですね汗最近出ていたTissueからの経時的intactサンプリング Jerzy Szablowski 論文３： Hunger modulates exploration through suppression of dopamine signaling in the tail of striatum Sabatiniラボケータイのラボからのプレプリント GRAB 今回使っているdLight3.8はRoshgadol et al., in preparationとのこと Robert Datta MoSeq Tail of Striatum の aversive stimulus coding Dattaがclosed loopでrewardingなdopamineを叩くこの前のSaunders ポスドクのときにいたJanakラボ似たタスクを作ったのは院生の頃っぽい RealTimeLinux Editorial Notes: ハーフ2時間は切れましたがベンチ100kg上がらなくなりました (萩原) このあと背中攣りました。そしてSteelcaseのThinkを拾いました (脇)…

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#82 The Art of Communicating 2:24:22

منذ 35 weeks2:24:22

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鹿児島大学の菅野康太さん( @canno696show )がゲスト。マウスのコミュニケーション研究をするに至った経緯、地方国立大での研究や心理学教育、サイエンスコミュニケーション活動について伺いました (10/30収録) Show Notes ( 番組HP ): 菅野さん個人HP 学部HP 菅野さんラボHP 奥山氏のNR回 1 2 鹿児島大学法文学部人文学科心理学コース鹿児島大学人文社会学研究科公認心理師アカデミックグルーヴ本から派生した法人清水修さんインタビュー SYNAPSE lab 臨床心理士公認心理師と臨床心理士の違い東大のサイエンスコミュニケーション副専攻田尾さん国立大学の中期計画 3期 4期文系学部不要論の背景(pdf) 文科省の釈明(pdf) 九大のデジタルヒューマニティズ半分co-メンター：田川さん早稲田大学人間科学部山元大輔先生 Satori遺伝子山元先生達によるSatori関連の続報長谷川眞理子先生長谷川寿一先生山内兄人先生性分化の研究石浦章一先生による一般向けの本いろいろ菊水先生星野先生岡ノ谷先生苅郷さんの NR回丸山工作先生遺伝研の小出先生高橋阿貴さん武田先生博士の頃のDAT研究 1 2 3 音声グルーミング仮説 Robin Dunbar ダンバー数 Nirao Shah ICRだと二匹が同時に鳴く、を明らかにした音源定位 USVCAM 論文大隅先生個性創発脳の新学術揚妻先生富山大の松本先生産総研の橘さんと一緒に書いた USVSEG 論文 DeepLabCut 九工大の柴田さん苅郷さん論文で引用された Social DefeatはIntruderにICRを使う１ 2 エンハンサーAAVの論文群 1 2 3 4 AAV関連の巨大グラント学生向けのスクラップボックス石山さん Brecht の研究 1 2 嫉妬？の鳴き声動物心理学会タッチモニタを用いたマウス実験系 (pdf) 編集長である後藤さん九州のアミュプラザ 3710Lab SILASU かごしま文化情報センター(KCIC) メディア芸術祭山口のYCAM ゲンロンのシラスかごしま環境未来館くらげのTシャツを着た潮合のインタビュー担当している講義の一覧スタンフォード監獄実験ミルグラムの罰を与える実験注：これら研究に関しては、結果の解釈に異論があったり、不適切な手続きの疑義があったりと、様々な議論があります。また、近年盛んに議論されている心理学の再現性問題との関連では、以下の文献など。心理学のデータと再現可能性（菅野）マンハッタンで暴動文系のための生命科学岡ノ谷先生の書籍渡辺茂先生脳神経科学イラストレイテッド脳科学辞典ベストティーチャー賞近藤滋先生が自邸で行った研究高木正勝風に色が見えるvery uniqueなTakagiさん (appleのクリエイターインタビュー動画) 高木正勝と竹市先生のイベント坂井克之先生高木正勝と坂井先生のトークイベント東北大の長神さん情報学環の佐倉先生 toe サイエンスアゴラ…

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#81 Through the Wire 2:58:05

منذ 37 weeks2:58:05

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研究所やプロジェクトの外部アドバイザー達とのオンサイトコミュニケーション、SfNポスター、 K99体験談、LLM課金、電子実験ノート談義など。論文はハエ嗅覚系における結合形成作業の“次元削減”、FlyWireの変化球について。 (10/27収録) Show Notes ( 番組HP ): NotebookLM 元ラボのポスドクの Tweeprint と NotebookLM の BioRxiv Neural DynamicsのScientific Advisory Council Bernard Sabatini Peter Dayan Lin Tian Yao Chen Mark Anderman Jeremiah Cohen Jeremiah が内田さんのところでやった最後の仕事に対する Peter Dayanの文章："These data nicely muddy the theoretical waters"とかすごい (萩) Schultz と一緒に仕事してる Theoretical Neuroscience: Computational And Mathematical Modeling of Neural Systems SfNにプレリミナリーなアブスト Nathaniel Daw Illana Witten Fedexでポスター印刷するサービス SfNの特別割引がある(pdf) 元D-labの井上さん千歳さんラボ PO: プログラムオフィサー K99: Pathway to Independence Kグラント Rutgersが燃えていたツイートの一例五十嵐さんリターン回毎月ミーティングやってるK99出そうとしている人向けのグループ：k99-peer-mentoring-group[at]googlegroups.com この前録った古館さん回スクールによってはOpenAIのChatGPT Eduが無料 Cython Mex MatlabはバージョンのアップデートでForループが速くなった PyQt %##じゃなくて#%%ですね汗 Neurodata Without Borders GitHubをラボノートブックに Benchling ELNの議論最近のEvernote DP2 DP5 DP5はVISAは大丈夫そう論文パート論文１： Dimensionality reduction simplifies synaptic partner matching in an olfactory circuit Liqun Luoラボ種による嗅覚系の違いと共通点に着目したレビュー。違いの原因に関するディスカッションは特に見つからず… (脇) 過去のSema2b発現量操作による軸索の投射経路操作の論文 Toll発現量のグラデ―ションに関する論文この系で使われている軸索の誘導因子の例、例えばTeneurin マウスのHippocampusの激シブdevelopment論文この先報：Teneurinのやつ宮道さんの昔の仕事論文２： The fly connectome reveals a path to the effectome Jonathan Pillow FlyWire祭り Motor Cortex祭り BICCN祭り 2018年にデータ取得は終わっている Davi Bock (今はThe University of Vermont) Clay Reid のところで V1のEMリコンストラクションをやっていた Editorによる序文 Flagship論文 1 2 Neurotransmitterの推定なぜかCellに先に出てた MorphologyからCell Typeの推定構造から機能を推定 Sebastian Seung FlyWireのゲーム EyeWire論文 Anthony Movshon にボコられている動画 Samsungにいった? Mala Murthy のトラッキングの仕事、例えばこれ JaneliaのFly Hemi Brain C Elegansのコネクトーム *2万5千はJaneliaのHemi Brain、今回は140,000. 8000個のCell Type *今回のハエはオスでは無くメス Instrumental Variableの論文 2021年のノーベル経済学賞 0.01%の”Pair”なので、ある細胞に対して他のニューロンが繋がっている確率としてはおよそ1%、と解釈するのが正しそう。 (萩) SVDはMatrixがNbyNかつsymmetric (Wij = Wji)のとき、eigenvector decompositionとSVDは数学的に完全に等価になります。なので要はSVD、という説明は間違ってなさそうです。(萩) Light Fieldでハエ全脳の活動を見る BuzsakiのLog-dynamicl brain Songさんのシナプス強度のLognormal分布線虫で全細胞をイメージングしながらオプトで操作普通にNatureでした(萩) DMDM IBL David Rowlandのツイート 1 2 Editorial Notes: NotebookLMがXのことをTwitterって言ってるのちょっとおもしろい (脇) K99は通ったわけではない(おそらく落ちてリビジョンする)ので、内容に関しては話半分できいておいて下さい。(萩)…

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#80 Beyond a predictive machine 2:11:57

منذ 39 weeks2:11:57

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古館さん( @ShoheiFurutachi ) in-person収録＠Allen Institute。直近の論文リバイズ中の出来事、最近の興味、ネタ被りに関する様々な考え方、ジョブハントの様子、東大での某失敗談の詳細 (10/13 収録) Show Notes ( 番組HP ): 古館さん前回のNeuroRadio古館さん回 Part 1 Part 2 古館さんのNature論文 Illana Witten の Cognitive Demand論文茨城県の県立医療大学パーキンソン病リハビリにおけるキューの利用 (pdf) Mark Andermann Hypothalamusに変なドーパミンニューロンがいて、性衝動のコントロールが知られている Parkinson病患者にL-DOPAを投与すると性衝動が上がる L-DOPAで幻覚千歳さんの NR回河西・柳下ラボ Over-Associationを示唆する論文 Georg Keller 自閉症だと自分をこそばせられる統合失調でした(萩) 自閉症と統合失調症はスペクトラムの逆側？ Positive Prediction ErrorとNegative Prediction Errorについてのレビュー Oliver Sacks 妻を帽子と間違えた男五十嵐さん Wellcome Career Development Award Dmitriy Aronov Vijay Namboodiri Moserラボ DMDMの論文のレビュワーコメント (pdf) Karel Svoboda Steinmetzの仕事尾藤先生 ASCONA Lake Conference Visual CortexのConnectivity 例えば： 1 2 FENS Massimo Scanziani Cyril Herry Letzkus 内田さん天羽さん SfN 2024 PrincetonのTigerBrain SWCもやってるEmerging Neuroscientists Seminar Series Carlos Brody David Tank Jonathan Pillow Nathaniel Daw Annegret Falkner Tatiana Engel グローバルCOE(pdf) 石川冬木らによるテロメラーゼ遺伝子TLP1のクローニング Krakauer Sherringtonian vs Hopfieldianのレビュー UCL Ophthalmology Carandini Andy Peters Ace Hotel Gilles Laurent MPI Collective Behavior Iain Couzin 100匹くらいの魚とか Median Rapheの仕事 Matt Lovett-Baron Deisseroth Losonczy 魚を始めた伊藤さん Chris Harvey Noah Pettit Selmaan Chettih Christopher Zimmerman Science Eppendolf Prize Zachary Knight CTAの仕事について話した回番組で扱ってたのを忘れていた(萩) 宮道先生の TRAP(初代) 五十嵐さんのタスク Nelson Spruston のタスク paAIP2 稲垣さん小宮山ラボ服部さん（現Scripps）の NN2023 大木研村上さん医学部の機能生物学セミナードイツの戸田さん伊丹十三のエッセイ：この２つのどちらか１２黒田さんと中野さんのNR回大木研のLP 林-高木先生ダルメシアンの図 Editorial Notes: ドッキリ収録含めAllen Institute visit最高に楽しかったです。(古) dmdmのReviewerコメント読んだ。”monumental effort”とかのいいまわしが確かにカレルっぽい(萩) 超まじめな話と笑い話が同じトーンで行われていて面白かったです (脇)…

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#79 The Wizard of Fz 3:17:37

منذ 44 weeks3:17:37

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Broadの齋藤諒さん再登場。真核生物ゲノムにコードされたFanzorがRNAで標的をプログラム可能なエンドヌクレアーゼであることを示した論文、競合、ジョブハント、来年１月から理研で主宰予定のラボ運営方針について伺いました (8/31収録) Show Notes ( 番組HP ): 齋藤さん過去回 1 2 齋藤ラボ理研ECLページでの紹介齋藤ラボ公募ページ（研究員・特別研究員）齋藤ラボ公募ページ（パートタイマー・アルバイト）理研和光キャンパス開拓研究本部トークしたイベント濡木先生西増先生井上梓先生古館昌平さんの回 1 2 論文パート Fanzor論文最近のCell論文 Feng Zhangラボ Cas9ゲノム編集論文 Cas9ゲノム編集＠ヒト細胞 1 2 Cas12 Cas13 Cas9祖先トランスポゾン論文 Eugene Koonin OMEGA論文 CASTホーミングについての齋藤さん前報平野清一さんのIsrB構造論文ゲノム編集で病気も治るようになってきたトマトでGABAを増やす魚で白身を増やす Jennifer Doudna達のFz論文 IS (Insertion Sequence)：転移に最低限必要な酵素のみを内部にコードするトランスポゾンの一種。それぞれ番号がついていて、転移機構も色々。 IS200/IS605 IS607 2013年のFanzor命名論文 AlphaFold Omar Abudayyeh（おまー） Jonathan Gootenberg（ぐーばー）合同ラボ BioRxivのプレプリントHERMES Samuel Sternberg の HERMESイジり Science Advances論文 TnpBのペーパー Virginijus Siksnys Kavli賞 Soumya Han 毛みたいなほわっとしたカビ ATCC ツボカビ Spizellomyces punctatus 濡木先生とSiksnysのTnpBの構造論文 1 2 末端配列とガイドRNA(ωRNA)配列の関係：これのc Spuのめっちゃ綺麗な末端配列：これのa ツボカビにも一応エレクトロポレーションはある PAM(Protospacer Adjacent Motif)：CRISPR-Casシステムにおいて、Cas9などのエフェクターがDNA切断を行う際に、標的配列の隣に必要とするモチーフ。SpCas9では3’側にNGG。 TAM(Target-Adjacent Motif)：OMEGAシステムには“Protospacer”という概念が存在しないため、このように呼ぶ。 TAM、トランスポゾン、ガイドとなっている：これのa Peel-and-paste：これのb Sam SternbergのSelfish Spreadの論文（機構はFig. 5g）転写因子(TnpB様の転写抑制因子)の論文 OMEGAのペーパーが出た時のNews and Views Robert Desimone RSIの成果報告会で受賞したのが公表されたページ CSHLのCRISPR Meeting HanのTnpBのペーパー CRISPR nuclease-protease 加藤一希先生 Jonathan StreckerとEsraのCRISPR associated endopeptidase論文 StreckerのCAST論文 Peiyu Xu Guilhem Faure COVID-19で一緒に働いた Julia Joungの転写因子アトラス Max WilkinsonのR2論文 R2レトロトランスポゾンのレビュー R2を使った挿入ツール 1 2 David Liu David LiuのtwinPE Omar + Goober のPASTE PASTEを基盤技術にしたTome Bioscienceの最近の動向 Jonathan Weissman Cas活性のパラメータについての仕事の一例登さん Deliveryの話、例えばコレ昔のラボメンはK99取ってたマイキーのPEG10 ジョブハントパート小関先生医科研のUTOPIA 早稲田にいた時の自分の指導教官 UTOPIAについて一応調べた（100日でワクチン開発でした。。。 by齋藤）東大の真下先生 Cas3の論文五神真先生大阪大学の蛋白質研究所定量研と卓越研究員制度今年は加藤セチプログラムのみ Max君は本当にすごい Rockefellerインタビュー 6人中2人がうちのラボ Kalli Helen Hay Whitney Hanna Gray Aviv Regev Xiaowei Zhuang Adam Cohen マイキーのラボ Max Wilkinsonの出身ラボ Kalliの出身ラボ独立後の計画 Joshua Weinstein DNA Microscopy Patrick Hsu Bridge RNA 宮脇さんが有識者の回有識者会議科研費倍増への運動後藤由希子先生 Kendall スイスで会ったギタリストの友達本田圭佑 HFSPミーティング長田重一先生アポトーシスの写真二階堂先生ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤）加藤英明先生ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤）奥山先生ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） Susan Gasser Patrick Matthias アセチル化やってた論文吉田稔先生古細菌テーマ＠HFSP 二段階になったHFSPフェローシップ申請（このReview Procedureタブを参照。Letters of IntentとFull Proposals） Yi Zhang 小嶋さん寺坂さん松田真弥さん松本さん古館さんのNature論文長井淳さん飲みましょう！！！（by齋藤）齋藤さんMITのアドレス Editorial Notes: 夢をみることができなければ、未来を変えることはできません。— 華麗なる一族（TBSテレビ, 原作・山崎豊子, 2007）（齋藤）理研の現地インタビューも茶髪で乗り込んだのかどうか気になる (萩原) Shownotes大量に補足いただき大感謝です。今回もエナジェティックで非常に刺激を受けました、また是非！ (宮脇)…

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#78 It's all mental 1:58:57

منذ 46 weeks1:58:57

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神経科学会と関連ソーシャル振り返り、Paperpileの運用、Figを作るためのソフトウェアについて雑談。後半は、任意の抗原をトリガーとして働くGPCR、“Placebo”による鎮痛を担うかもしれない神経回路について (9/1収録) Show Notes ( 番組HP ): 日本神経科学会奨励賞一個下の後輩、村上さん元ボス（大木先生、が授賞式に来ていた）元ボス（アンドレアス、が裏枠でトークしていた）のシンポジウム Neuroscience Researchに出した論文長谷川さんの前例 Andrew Holmes 北沢さんとのシンポジウム北村さん尾藤先生 Michael Greenberg の Brain Prize Lecture 後藤先生五十嵐さんが言ってた回今井さんが見つけてきたお店長崎の平和会館佐藤達雄さん Carandini 佐藤さん主催のサテライト企画 Greg Stuart 安田さん Letzkus et al. 2011 Kampa and Stuartの論文田川さん奥野さん知覧特攻平和会館虎に翼 NHKオンデマンドをAmazonプライム経由で観てます。(VPN必須) (萩) 日本初の女性裁判官、三淵嘉子さんについて宮台真司先生が悪いというわけではなく、ミサンドリー感情(+α)をフェミニズムと自称して活動する流れが問題なのであって、それを本来のフェミニズムと明確に区別して排除しよう、という意図での"クソフェミ"呼称であったという理解。 (萩) Jay Shendure NeuroTree George Churchのページボストンでもオーロラが見えたオーロラを観にこの温泉に行きたい (萩) Paperpile SigmaPlot 文献紹介パート：文献１： Synthetic G protein-coupled receptors for programmable sensing and control of cell behavior Alice Ting Yulong Li KORD SPARK CAR-T SynNotch TRUPATHアッセイ TurboID 文献２： Neural circuit basis of placebo pain relief Grégory Scherrer 数年前のPainに関するミニスコープの仕事 Analgesia: 鎮痛プラセボと治験についてのレビュー Fos TRAP 初代二代目 von Frey試験含め疼痛評価法いろいろ (pdf) PnはCortexと小脳を繋ぐ重要な中継核 Stress Induced Analgesiaはオピオイドが関与 NPAS4 TRAPの論文 Spontaneous ActivityによるHebbian Plasticity EmillianiのScanlessでオプシン型GEVIでも2p イメージング Adam Cohenの方 MECのLeft-right-alternating theta sweeps LECのイベントストラクチャー表象 Editorial Notes: 朝ドラ、ちなみにリーガルハイの2期を観ていた人には要注意。岡田将生が近しい文脈で全く違うキャラで出現するので混乱します。(萩原) 掛け算ができない…小学生からやり直します。Pontine Nuclei, 麻酔賭けた時にこの領域が活動しているのかちょっと気になります (宮脇)…

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